Ojo de Guareña es un complejo kárstico situado en la vertiente meridional de la cordillera Cantábrica donde se alza un cejo rocoso formado por piedras calizas y dolomías coniacenses, y que descansa sobre un impermeable substrato de margas y calizas arcillosas. Sus características cuevas son fruto de la erosión producida por la acción de los ríos Guareña y Trema cuyas aguas penetraron dentro de la gran roca en el Cretácico Superior.

Crecen en este espectacular paraje hayas y abedules en su parte norte, mientras que en el sur predomina la encina y el quejigo. También se puede hallar vida vegetal dentro de las cuevas donde moran las algas, los hongos y las bacterias.

Habitan este Monumento Natural numerosas aves rapaces como el buitre leonado o el alimoche, y el bosque acoge al zorro, el jabalí y gato montés. Aunque la fauna más interesante, por única, se encuentra dentro de las cuevas donde se han detectado más de 50 especies de invertebrados cavernícolas, cuatro de ellos únicos y exclusivos en el mundo.

Al indudable valor geomorfológico y biológico de Ojo de Guareña hay que sumarle su interés histórico. En el interior de las cuevas se han hallado varios santuarios prehistóricos que permiten seguir con toda claridad, y sin que falte ninguna etapa clave, la evolución de la religiosidad -desde el Paleolítico hasta nuestros días- del hombre occidental. Entre estos santuarios destaca la Sala de las Huellas, cueva donde se puede observar un conjunto de rastros de pies descalzos dejados por nuestros antepasados hace, aproximadamente, 15.000 años.