Está considerada como zona de Especial Protección
para las aves, y posee un gran interés geomorfológico.
En la Foz de Arbayún está instalado uno de los
límites biogeográficos entre los tipos de vegetación
atlántico-pirenaica y mediterránea. Predominan
los bosques de haya y pinos rojos, y enclaves de abetos pirenaicos,
los más meridionales para la especie de la península.
En el interior, en las áreas más húmedas
de la foz, se hallan bosques de ribera y comunidades ricas
en tilos, fresnos, arces, serbales, avellanos y olmos. Destacan
algunas especies exclusivas de la zona que crecen en las grietas
de los roquedos como la "Saxifraga longifolia",
"Sarcocapnos enneaphylla", "Saponaria glutinosa"
y la "Petrocoptis hispanica". Al principio de la
garganta, y en lo más profundo, crecen bosques de roble
peludo asociado en algunas zonas con quejicos y coscojas.
En cuanto a la fauna, en la Foz de
Arbayún se dan algunas de las mayores concentraciones
de aves rapaces del continente europeo, entre ellas, la
principal colonia de buitres leonados de Navarra y la segunda
en cuanto a número de ejemplares de la península
y del resto de Europa. También hay quebrantahuesos,
alimoches, águilas culebreras, reales y calzadas,
milanos reales y negros, azores, aguiluchos cenizos y pálidos,
búhos reales, halcones comunes, etc. En lo que a
mamíferos se refiere, se pueden encontrar, entre
otros, corzos y jabalís.
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