Historia aparte, San Juan de la Peña alberga un entorno ecológico de gran interés en el que destaca su densa y variada masa forestal con bosques bien conservados de pino silvestre y en los que habitan también hayas y tilos. Este enclave natural ha logrado mantenerse virgen gracias a la política conservacionista practicada durante siglos por los monjes del monasterio, constituyendo uno de los más relevantes ecosistemas aragoneses de media montaña. Sus grandes cortados de roca conglomerada alcanzan entre los 1.000 y 1.290 metros y bajo ellos se esconde el viejo monasterio. Sirven además como lugar de nidificación para una importante población de aves rapaces.

El paraje se extiende a lo largo de 264 hectáreas ocupados por pinos silvestres, en la parte superior, y abetos, robles, encinas, acebos, enebros, gayubas, y bojs en la vertiente norte. El microclima mediterráneo de montaña imperante se traduce en esta elevada variedad de especies botánicas que se completan con flores características como la primavera, la hepática, la violeta y la aguileña y también con matas de brecina y arándano. En San Juan de la Peña habitan así mismo, entre sus riscos, aves rapaces como el quebrantahuesos, el buitre leonado y el alimoche; y entre sus bosques se ocultan el tejón, el jabalí, la perdiz y el conejo.