Destaca en este magnífico templo gótico su fachada neoclásica, diseñada en 1783 por Ventura Rodríguez. En el centro se abre un pórtico con frontis tetrástilo de columnas pareadas con capiteles corintios, rematado por un frontón decorado con el escudo del cabildo. Las terrazas del centro y las torres en los extremos, completan un conjunto severo y grandioso. La torre del norte alberga la campana María, de doce toneladas, la mayor de España en uso.

El interior de la Catedral se configura en planta de cruz latina, de tres naves, más otras dos de capillas, siendo la central la más alta, y girola en la cabecera. El edificio ostenta una completa unidad de estilo, con sencillas bóvedas de crucería, complicadas con terceletes sólo sobre el crucero y ábside.

El templo está ricamente decorado, en él encontramos una pila bautismal de jaspe, del siglo XIX, con una tabla del bautismo de Cristo, del S. XVI. La Capilla de San Juan Bautista, alberga el crucifijo de Ancheta, obra maestra del Renacimiento español, de 1577. El retablo, es de 1610, representa escenas de la vida del santo Precursor. La capilla de Santa Cristina, muestra un retablo realizado en torno a 1500 con una talla gótica de Crucificado y tablas representando personajes del Antiguo Testamento con sus profecías. La capilla de San José posee un retablo barroco, de 1685, aunque se conservan las imágenes de otro anterior de 1570. La antigua capilla de San Martín, guarda un retablo barroco, de 1642, con otro pequeño en su centro, italiano del siglo XVI, de cuadritos pintados sobre cobre con multitud de reliquias.

En la Catedral puede admirarse también el mausoleo real con las estatuas yacentes de los Reyes de Navarra, Carlos III el Noble y Leonor de Trastamara, su esposa. Obra maestra de la escultura europea del siglo XV, fue realizada entre 1413-1419 por Jehan Lome de Tournai. Destaca además, una reja gótica -que cierra el presbiterio y coro- forjada en 1517 por Guillermo de Evernat, una de las primeras de España en su estilo.