El templo alcanzó su máxima gloria en tiempos de Sancho García el Mayor que introdujo en Leyre la regla de San Benito, según el modelo de Cluny, lo que repercutió en la hospitalidad que el monasterio prestó a los peregrinos del Camino de Santiago. Posteriormente, en el siglo XII, se incorporó a la reforma cisterciense.

El templo de San Salvador -que reúne varios estilos arquitectónicos- tuvo una gran influencia en el desarrollo de la arquitectura monacal en España. La parte más antigua es la cripta, S. XI, a la que se penetra por una antiquísima puerta románica, consta de tres naves con bóvedas de medio cañón apoyadas sobre columnas de escasa altura que producen una sensación de pesadez y rudeza por la magnitud de los bloques de piedra. La decoración de los capiteles corresponde al románico.

La iglesia, de 1057, está dividida en tres naves con ábsides semicirculares de igual altura y configuración lineal. La nave principal fue construida en estilo cisterciense y sustenta una bóveda gótica. En el lado izquierdo se abre una puerta románica del XII con sencillas columnas y un "crismón" en el tímpano. La puerta llamada "spetiosa" es de estilo románico navarro, está decorada con figuras de gran tamaño. Las arquivoltas, son de piedra caliza rojiza y las enjutas, de arenisca -ésta diferencia de materiales hace pensar en la unión de dos portadas distintas- y están decoradas con numerosos motivos labrados. En su interior se encuentra el sencillo panteón de los reyes de Navarra -en una capilla cerrada con reja gótica- y el retablo de San Benito .En el muro norte hay una bella talla de Cristo de finales del XVI.