Contó el Rey para conseguir su objetivo con el apoyo del Papa Clemente III. Las Huelgas disfrutó, desde sus inicios, de la protección de Papas y Reyes, y en él, además de coronarse Alfonso XI y su hijo Enrique de Trastámara, se armaron caballeros Fernando III, Alfonso XI, Pedro I y Juan II. Por otro lado, el sueño de Alfonso VIII se hizo realidad, pues el templo acoge numerosos sepulcros reales.

El conjunto monástico está diseñado como una fortaleza, con una torre fortificada y un atrio de acceso al templo denominado pórtico de los Caballeros. El Compás de afuera, conduce a la iglesia y capillas funerarias adyacentes (San Martín y San Juan), y de ahí al claustro de San Fernando y a sus dependencias anejas. Seguido a este primer recinto, se sitúa el llamado Compás de dentro, al que se abren diversas estancias correspondientes a la portería y hospedería monástica así como a edificios aledaños.

La Iglesia, de estilo gótico, consta de una amplia cabecera de cinco ábsides, un destacado crucero, y tres naves, situándose en la central el coro de las monjas. Al sur de la iglesia se alza un claustro construido en el reinado de Fernando III el Santo. Es una obra gótica que destaca por sus bóvedas de cañón apuntado que constituyen su cubierta, conservando, en algunos tramos, fragmentos con finos motivos de yesería hispano-musulmana, que incluyen lacerías, atauriques, inscripciones cúficas, castillos, pavos reales, grifos. En este claustro, además de situarse algunas capillas para la devoción de las monjas, se abren también las galerías, en torno a un patio, por medio de arcos apuntados que en su momento estaban apoyados en columnas, aunque éstas desaparecieron al macizarse los muros, obra llevada a cabo en el siglo XVII cuando se construyó el claustro alto.

Destacan así mismo en el Monasterio, la Sala Capitular, que guarda recuerdos de la Batalla de las Navas de Tolosa y el Museo de Ricas Telas, que cuenta con valiosas muestras de telas y demás objetos y ornamentos sagrados, extraídos de los sepulcros medievales conservados en la iglesia.