Estos monasterios emilianenses forman parte de la ruta cultural que se desarrolló en torno al Camino de Santiago, el más destacado vehículo de comunicación de ideas de toda la historia europea e integran un conjunto monumental de gran trascendencia e importancia.

Los orígenes del Monasterio de Suso se remontan a finales del siglo V, con San Millán, la leyenda narra que el santo vivió como un anacoreta en unas cuevas sobre las que hoy se alza el claustro, y en él fue enterrado en el año 574. Se pueden diferenciar las cuevas del edificio que aparece adosado a la roca, donde se distingue la iglesia de dos naves de cinco tramos, elementos arquitectónicos del primitivo edificio visigótico del siglo VI y pórtico de acceso mozárabe del siglo X.

El pueblo al que dio nombre San Millán lo declaró santo antes de hacerlo la Iglesia, y en su honor se levantó el Monasterio de San Millán. Esto trajo como consecuencia que la afluencia de peregrinos al sepulcro de San Millán fuera desde entonces continua. A partir de ese momento el monasterio de San Millán de Suso fue creciendo en importancia.

La construcción del segundo monasterio de San Milán, Yuso, tiene también su origen en una leyenda. A mediados del siglo XI el rey García Sánchez mandó construir en Nájera el monasterio de Santa María la Real. Tanto al rey como al obispo y a los nobles les pareció conveniente que las reliquias de San Millán fueran trasladadas a dicha iglesia.

La Crónica Najerense cuenta que, al ir el rey a realizar su propósito, ocurrió algo inesperado: una vez cargados los restos del santo sobre un carruaje tirado por bueyes y cuando la comitiva había bajado al valle, los animales se pararon y no hubo fuerza humana que los hiciera avanzar ni retroceder. El rey entendió que esto era un aviso del cielo y decidió construir un nuevo monasterio sobre el lugar donde se habían detenido los animales: el Monasterio de San Millán de Yuso. Con el fin de diferenciar los dos monasterios, al de la parte baja del Valle se le llamó San Millán de Yuso ( del latín deorsum, que significa 'abajo') y al de la parte alta, San Millán de Suso ( del latín sursum 'arriba').

El Monasterio de Yuso destaca por sus grandes dimensiones. Es el fruto de la actividad arquitectónica de varios siglos (fundado en el siglo XI, fue reconstruido en los siglos XVI,XVII y XVIII) y en él se conjugan, sin contraponerse, diferentes estilos (renacentista, barroco ...). Además, el edificio alberga abundantes obras de arte.