En el año 842, fue reconstruido por Sancho Garcés y consagrado. Más tarde, Sancho el Mayor de Navarra, el Rey de Navarra, introdujo en el monasterio la regla benedictina de Cluny, promoviendo nuevas reformas en el monasterio que motivaron otra consagración en 1049. Poco después se convirtió en el panteón del reino de Aragón.
El monasterio desempeñó un papel muy importante en la introducción de la reforma cluniacense. Fue el primer foco de restauración en España de manos de Cluny. Sus sugerencias eclesiásticas y políticas tuvieron una influencia muy grande en la sociedad a través del monasterio.

El monasterio consta de dos niveles. El primero se sitúa justo debajo de una roca gigante que casi traga todo el monasterio. En su terraza hay un claustro descubierto, sin tejado, pero la peña sobresale hasta encima de las columnas, las cubre como si fuera un tejado firme. Esto crea un ambiente de misterio y fortaleza que explica la tenacidad de los monjes de entonces.

En los capiteles de las columnas del claustro, se pueden ver esculturas hechas por un maestro anónimo. Narran historias bíblicas y representan la vida de los personajes del Nuevo Testamento. Destaca una figura de la Inmaculada Concepción, con una enorme fuerza en los ojos. También aparecen esculpidas complejas figuras vegetales con formas bulbosas, tallos rizados acompañados de hojas... Sus composiciones rellenan siempre el espacio disponible y se adaptan a la forma de los capiteles en la manera sutil.