La personne qui commence son pèlerinage par le chemin aragonais à Somport trouvera sur sa route, plus exactement à Jaca, un site exceptionnel, déclaré Site Naturel d’Intérêt National en 1920, San Juan de la Peña, devenu alors le troisième Espace Naturel Protégé de l’État. Actuellement, il est reclassé comme Monument Naturel.

L’histoire mise à part, San Juan de la Peña a un environnement écologique de grand intérêt, dont on peut citer la forêt dense et variée, avec des bois bien conservés de pins sylvestres, dans lesquels il y a aussi des hêtres et des tilleuls. Ce site naturel a réussi à demeurer vierge grâce à la politique conservatrice pratiquée pendant des siècles par les moins du monastère, et constitue l’un des écosystèmes de moyenne montagne les plus importants de l’Aragon. Ses grandes coupes d’agrégat rocheux atteignent entre 1000 et 1290 mètres, et dessous se trouve le vieux monastère. Ils servent de lieu de nidification à de nombreux rapaces.

Le site s’étend sur 264 hectares, occupés de pins sylvestres dans la partie supérieure, et de sapins, rouvres, chênes verts, houx, genévriers, busseroles et buis sur le versant Nord. Le microclimat méditerranéen de montagne se traduit par cette grande variété d’espèces botaniques, complétée de fleurs caractéristiques comme la primevère, l’hépathique, la violette et l’ancolie, ainsi que de pieds de bruyère et myrtilles. À San Juan de la Peña habitent également, parmi les rochers, des oiseaux rapaces comme le vautour barbu, le vautour fauve et vautour percnoptère, et dans ses bois se cachent le blaireau, le sanglier, la perdrix et le lapin.