En l’an 842, il a été reconstruit par Sancho Garcés, et sacré. Ensuite, Sancho le Grand de Navarre, roi de Navarre, a introduit au monastère la règle bénédictine de Cluny, promouvant de nouvelles réformes au monastère, qui ont motivé une autre consécration, en 1049. Peu après, il est devenu le panthéon du royaume d’Aragon.
Le monastère a joué un rôle très important dans l’introduction de la réforme Clunisienne. Il a été le premier point de restauration en Espagne selon les ordres de Cluny. Ses suggestions ecclésiastiques et politiques ont eu une grande influence sur la société, par le biais du monastère.

Le monastère a deux niveaux. Le premier est situé juste sous une rocher géant qui avale presque tout le monastère. Sur sa terrasse, on trouve un cloître ouvert, sans toit, mais la roche ressort jusqu’au-dessus des colonnes, les couvre comme s’il s’agissait d’un toit. Cela crée une atmosphère de mystère et de forteresse, qui explique la ténacité des moines d’alors.

Sur les chapiteaux des colonnes du cloître, on peut voir des sculptures faites par un maître anonyme. Elles racontent des histoires bibliques et représentent la vie des personnages du Nouveau Testament. On remarque particulièrement une représentation de l’Immaculée Conception, avec une immense force dans les yeux. On peut également observer des motifs végétaux sculptés avec des formes bulbeuses, des tiges ondulées accompagnées de feuilles… Leurs compositions remplissent toujours l’espace disponible et s’adaptent à la forme des chapiteaux de façon subtile